Cơ cấu tổ chức của Học viện gồm: 05 khoa chuyên môn; 07 phòng chức năng; 08 tổ chức nghiên cứu phát triển và đơn vị sự nghiệp trực thuộc gồm có 02 Viện nghiên cứu, 04 Trung tâm và 01 Tạp chí. Các tổ chức nghiên cứu và phát triển, đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Học viện do Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc quyết định thành lập.[2]

Các khoa chuyên môn

• Khoa Cơ bản
• Khoa Dự bị đại học
• Khoa Sau đại học
• Khoa Quản lý nhà nước về công tác dân tộc
• Khoa Văn hóa dân tộc thiểu số

Các phòng chức năng

• Văn phòng Học viện
• Phòng Tổ chức cán bộ
• Phòng Kế hoạch - Tài vụ
• Phòng Đào tạo
• Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng
• Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế
• Phòng Công tác chính trị và học sinh, sinh viên

Các tổ chức nghiên cứu và phát triển, đơn vị sự nghiệp là đơn vị dự toán cấp III

• Viện Chiến lược và Chính sách dân tộc;
• Viện Nghiên cứu văn hóa dân tộc;
• Trung tâm Bồi dưỡng kiến thức công tác dân tộc;
• Trung tâm Nghệ thuật dân tộc thiểu số;
• Trung tâm Tư vấn, chuyển giao khoa học và công nghệ, bảo vệ môi trường vùng dân tộc và miền núi;
• Trung tâm Hỗ trợ đào tạo và phát triển nguồn nhân lực vùng dân tộc và miền núi;
• Tạp chí Nghiên cứu dân tộc.

Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Học viện

• Trung tâm Thông tin - Thư viện.